Ông Nguyễn Ngọc Ngạn sinh ngày 9 tháng 3 năm 1945, thuộc tỉnh Sơn Tây cũ (nay thuộc Hà Nội), là con thứ 3 trong gia đình gồm 6 người con.Năm 1954, ông theo gia đình di cư vào miền Nam, sống tại một xóm của người Công giáo gần Củ Chi, thuộc tỉnh Gia Định cũ, đến năm 1957 thì gia đình ông chuyển về sống ở khu ngã ba Ông Tạ (thuộc quận Tân Bình, tỉnh Gia Định cũ). Thời trung học, Nguyễn Ngọc Ngạn theo học trường Nguyễn Bá Tòng (nay là Trường THPT Bùi Thị Xuân) và trường Chu Văn An (Sài Gòn). Có thời gian ông theo học kịch nghệ tại Trường Quốc gia Âm nhạc Sài Gòn.