Kỳ Án Chim Dẽ Giun là câu chuyện xảy ra vào mùa hè năm 1950 tại biệt thự Buckshaw mục nát của gia đình Flavia. Xác chết một con chim dẽ giun (loài chim cực kỳ khó bắn trúng, làm nản lòng cả những tay sứng cừ khôi nhất được tìm thấy trên ngưỡng cửa, một TEM thư kỳ lạ gắn ngay trên mỏ. Chỉ vài giờ sau, Flavia lại gặp một người đàn ông nằm ngắc ngoải rồi chết trong vườn dưa chuột. Cha cô bị buộc tội giết người và bị cảnh sát giam giữ. Flavia, khi đó mới 11 tuổi và là một thần đồng hóa học, đã quyết định cùng chiếc xe đạp cũ kỹ của mình lần theo dấu vết để giải oan cho bố.